Hola,
Probablemente ya has hecho esto, pero por si acaso...

En estos casos, uno de las mejores herramientas es "top". Vale la pena
leer el manual para aprender como identificar situaciones que causan
lentitud en el servidor.

Verifica lo siguiente:
1. Alta carga en el sistema
En "top" podrás ver los promedios de la carga general en los recursos
de sistema. La seccion de "load" nos da un promedio de carga a 5, 10 y
15 minutos. Como regla general, el numero reflejado aqui no debe
sobrepasar la cantidad de procesadores que tenga el servidor. De lo
contrario, es signo que algo anda mal.

2. Utilización de Swap
Uno de los sintomas de alta carga (load) en el sistema es el uso de
memoria virtual (swap). Si un proceso esta consumiendo demasiada
memoria, el servidor comenzara a usar memoria swap, que es mas lenta
que el RAM y resulta en servidor lento.

3. Utilización alta de lecturas y escrituras (I/O)
Si en "top" ves que buena parte de la utilizacion del CPU es por "wa",
significa que el CPU está esperando (waiting) que se ejecuten
actividades de I/O. Estas pueden ser dirigidas a disco o a la red. El
truco es encontrar que proceso esta causando esta condición.

4. Qué proceso se comió la memoria?
En "top" puedes usar la opción "M" y te organizará la lista de
procesos por consumo de memoria. Fijate en los primeros 5 - 10
procesos de la lista. Son procesos críticos?

5. Qué proceso está haciendo I/O?
Una herramienta muy reciente es "iotop". Como el nombre sugiere, es un
"top" que muestra estadisticas de I/O por procesos. Pero, como es muy
reciente, esta disponible solo para distribuciones recientes. Por
ejemplo, iotop no está disponible para Ubuntu 8.04.


Por último, si usas Webmin, tienes un interface gráfico para top!
Navegando por "System > Running Processes" podrás ver fácilmente
muchos detalles de los procesos que estan coriendo.


Saludos,
Jose.